Nature Reviews Genetics, Год журнала: 2022, Номер 24(1), С. 53 - 68
Опубликована: Сен. 14, 2022
Язык: Английский
Nature Reviews Genetics, Год журнала: 2022, Номер 24(1), С. 53 - 68
Опубликована: Сен. 14, 2022
Язык: Английский
Cell, Год журнала: 2020, Номер 183(1), С. 28 - 45
Опубликована: Сен. 24, 2020
Язык: Английский
Процитировано
563Science, Год журнала: 2022, Номер 376(6592), С. 496 - 501
Опубликована: Апрель 14, 2022
Animal genomes are folded into loops and topologically associating domains (TADs) by CTCF loop-extruding cohesins, but the live dynamics of loop formation stability remain unknown. Here, we directly visualized chromatin looping at
Язык: Английский
Процитировано
352Nature Genetics, Год журнала: 2020, Номер 52(1), С. 8 - 16
Опубликована: Янв. 1, 2020
Язык: Английский
Процитировано
331Nature Reviews Molecular Cell Biology, Год журнала: 2021, Номер 22(8), С. 511 - 528
Опубликована: Май 5, 2021
Язык: Английский
Процитировано
304Genome biology, Год журнала: 2021, Номер 22(1)
Опубликована: Апрель 15, 2021
Abstract Differential gene expression mechanisms ensure cellular differentiation and plasticity to shape ontogenetic phylogenetic diversity of cell types. A key regulator differential programs are the enhancers, gene-distal cis -regulatory sequences that govern spatiotemporal quantitative dynamics target genes. Enhancers widely believed physically contact promoters effect transcriptional activation. However, our understanding full complement regulatory proteins definitive mechanics enhancer action is incomplete. Here, we review recent findings present some emerging concepts on also outline a set outstanding questions.
Язык: Английский
Процитировано
271Nature Reviews Genetics, Год журнала: 2020, Номер 22(3), С. 154 - 168
Опубликована: Ноя. 24, 2020
Язык: Английский
Процитировано
253Nature Genetics, Год журнала: 2022, Номер 54(12), С. 1919 - 1932
Опубликована: Дек. 1, 2022
It remains unclear why acute depletion of CTCF (CCCTC-binding factor) and cohesin only marginally affects expression most genes despite substantially perturbing three-dimensional (3D) genome folding at the level domains structural loops. To address this conundrum, we used high-resolution Micro-C nascent transcript profiling in mouse embryonic stem cells. We find that enhancer-promoter (E-P) interactions are largely insensitive to (3-h) CTCF, or WAPL. YY1 has been proposed as a regulator E-P loops, but also had minimal effects on transcription 3D folding. Strikingly, live-cell, single-molecule imaging revealed reduced factor (TF) binding chromatin. Thus, although cohesin, WAPL is not required for short-term maintenance gene expression, our results suggest may facilitate TFs search bind their targets more efficiently.
Язык: Английский
Процитировано
251Nature Structural & Molecular Biology, Год журнала: 2021, Номер 28(2), С. 152 - 161
Опубликована: Янв. 4, 2021
Язык: Английский
Процитировано
240Nature Methods, Год журнала: 2020, Номер 17(11), С. 1111 - 1117
Опубликована: Окт. 12, 2020
Язык: Английский
Процитировано
238Molecular Cell, Год журнала: 2020, Номер 77(4), С. 688 - 708
Опубликована: Янв. 27, 2020
Язык: Английский
Процитировано
210