A review on comparative analysis of marine and freshwater fish gut microbiomes: insights into environmental impact on gut microbiota DOI Creative Commons
Bhanu Pratap Singh, Kushal Thakur, Hishani Kumari

и другие.

FEMS Microbiology Ecology, Год журнала: 2024, Номер unknown

Опубликована: Дек. 24, 2024

Abstract The gut microbiota, which includes prokaryotes, archaea, and eukaryotes like yeasts, some protozoa, fungi, significantly impact fish by affecting digestion, metabolism, the immune system. In this research, we combine various tasks carried out bacteria in of fish. This study also examines microbiome composition marine freshwater fish, identifying important bacterial species linked to different biological functions. diversity within highlights importance considering nutrition, habitat, environmental factors microbiological research on ever-changing indicates that microbial communities are specifically adapted meet needs both host its environment. can adjust a specific environment with help microbiota. is crucial for comprehending complex relationships between their aquatic environments. These discoveries have implications aquaculture practices, fisheries administration, broader ecological processes With further progress area study, knowledge acquired would offer valuable standpoint enhance our comprehension microbiology sustainability nutrition resources.

Язык: Английский

МОРФОФУНКЦІОНАЛЬНА БУДОВА ЩУКИ ЗВИЧАЙНОЇ ESOX LUCIUS DOI Creative Commons
Larysa Plyuta

Bulletin of Sumy National Agrarian University The series Veterinary Medicine, Год журнала: 2025, Номер 3(66), С. 41 - 46

Опубликована: Янв. 6, 2025

Esox Lucius щука звичайна належить до царства тварин, типу хордові, ряду щукоподібні, родина щукові, рід щука, а вид щука. При дослідженні будови щуки звичайної та риб в цілому першу чергу звертаємо увагу на зовнішній абрис цієї особини. Для абрису тіла користувалися тримірним виміром, щоб візуально уявляти розташування анатомічних складових відносно трьох площин. Щука це риба річкова, її форма стрілоподібне, витягнуте по довжині, допомагає цій рибі швидко рухатись, або навпаки стояти мілині охоті. Довжина може досягати півтора метра, вага тридцяти кілограмів. На тілі розрізняють ділянку голови, тулуб, плавці хвіст. Ці основні анатомічні складові і відрізняють різні види риб. Колір темно сірий з сріблястим відтінком. протязі всього шкіра вкрита кістковою лускою, заходить головну ділянку, потиличну зяброву кришку косими рядками заходячи одна за одну, спина темніша ніж черево, тулубі видні світлі плями різного розміру розташовані вздовж впоперек тіла. Ділянка голови у велика, займає майже одну третю всієї рибини, гарно розвинена, приплюснута дорсовентрально, починається ротовим отвором. має добре розвинені парні непарні плавці. Непарні спинний, анальний хвостовий. Хвостовий розділений дві частини, плямисте забарвлення. великій головній ділянці рот, носові отвори, зяброві отвори очі. Починається ділянка орально великим отвором, який тягнеться аж переднього края ока. Ротовий отвір утворений двома щелепами верхньою нижньою, кут рота вони формують доходить рострального краю очей. Мандібуля виступає трохи вперед верхню щелепу. верхньощелепній кістці аборально розміщена шкірна складка, яка з’єднує черепом обмежує бічні стінки ротової порожнини, чим зумовлений спосіб живлення щук. Очні яблука дорсолатерально мають шароподібну форму, не повік. Отвір райдужної оболонки великий круглу форму. По краям ока складка зрощена ростральною стінкою Аборально розташована зяброва прикрита зябровою кришкою. Від заднього широка нижньої щелепи назву перетинка. Разом обмежують щілину, які з’єднуються один одним правого лівого боків. Рострально від очей знаходиться вхід носову порожнину. Він представлений парами ніздрів різної форми, назальний форму круга, аборальний півмісяця. Прямо під цими отворами є порожнина яку через ніздрі потрапляє вода коли рухається, таким чином відбувається зміна води нюховій капсулі. Ротова великою ротовою щілиною, обмежена нерухомими губами. Закінчується ротова глоткою. Як похідні органів головної кишки тут зуби язик. Форма зубів конусовидна, більші розміщуються нижній щелепі. верхній щелепі піднебінні дрібні чисельні.

Процитировано

0

Fish gut microbiome and its application in aquaculture and biological conservation DOI Creative Commons
Nusrat Hasan Kanika,

Nusrat Liaqat,

Huifan Chen

и другие.

Frontiers in Microbiology, Год журнала: 2025, Номер 15

Опубликована: Янв. 7, 2025

Understanding the diversity and function of fish gut microbiomes has advanced substantially, yet many aspects remain poorly understood, particularly interplay among microbiota, host species, environmental factors in context conservation. This review explores composition abundance bacterial communities key aquaculture groups-cyprinids, ictalurids (catfish), salmonids, cichlids (tilapia)-alongside model organism zebrafish, across diverse geographic regions. The findings highlight habitats species as primary determinants microbiome structure, offering a global perspective on these microbial communities. Across all groups, phyla Firmicutes, Fusobacteria, Proteobacteria consistently dominated, while temperate, sub-equatorial, sub-tropical regions exhibited highest diversity, underscoring contribution taxonomic factors. farm-raised shows significant divergence from that wild-caught fish, reflecting impacts ecological management differences. dynamic responses microbiota is vital for guiding conservation efforts, safeguarding aquatic biodiversity, advancing sustainable practices. Future research should leverage innovative techniques integrative approaches, both experimental theoretical, to uncover functional roles predict their changes. Expanding coverage will be critical creating comprehensive framework inform strategies. Collectively, this highlights transformative potential addressing challenges biology.

Язык: Английский

Процитировано

0

Spatial and temporal changes in gut microbiota composition of farmed Asian seabass ( Lates calcarifer ) in different aquaculture settings DOI Creative Commons
Melissa Soh, Shuan Er, Adrian Low

и другие.

Microbiology Spectrum, Год журнала: 2025, Номер unknown

Опубликована: Март 14, 2025

ABSTRACT The microbiota composition of healthy farmed fishes remains poorly characterized for many species. This study explores the influence external environment and innate factors that may shape gut Asian seabass, Lates calcarifer . α-diversity based on Shannon, Simpson, Chao1 indices was lower reared in sea cages tanks than experienced a transfer from to tanks. Longitudinal analyses segments revealed no significant differences alpha diversity between within same containment type, except index stomach pyloric cecum sea-caged fishes. β-diversity analysis using weighted UniFrac distance Bray-Curtis dissimilarity demonstrated fish type shared similar microbial communities. PERMANOVA tests confirmed farm, batch significantly influenced these distances. Containment accounted 10.4% observed diversity, farm 29.8%, 10.7%. Genera comprising potential pathogens such as Aeromonas , Flavobacterium Vibrio were differentially abundant along guts different types particularly increased Microbiota changes with host age segment, genera identified seabass grew. Comparing hindgut other species host-specific clustering indicated by PERMANOVA. Overall, findings underscore significance conditions broad implications aquaculture practices. IMPORTANCE Understanding is crucial optimizing highlights ( ). By demonstrating community are shaped location, batch, research provides valuable insights into how environmental interact health. findings, differential abundance various types, need tailored management strategies aquaculture. not only advances our knowledge but also has improving sustainability productivity

Язык: Английский

Процитировано

0

Discovery of a phylogenetically novel tropical marine Gammaproteobacteria elucidated from assembled genomes and the proposed transfer of the genus Umboniibacter from the family Cellvibrionaceae to Umboniibacteraceae fam. nov. DOI Creative Commons
Jia Yee Ho,

Xiu Qi Koh,

Dongmin Kang

и другие.

Frontiers in Microbiology, Год журнала: 2025, Номер 16

Опубликована: Март 28, 2025

Marine heterotrophic bacteria in coastal waters respond to the influx of carbon from natural and anthropogenic sources. We identified two nearly identical, (99.9% average nucleotide identity; 100% amino acid same DNA G + C content 52.3 mol%) high-quality (≥99% CheckM completeness ≤ 1.3% contamination) draft metagenome-assembled genomes (MAGs; SJ0813 SJ0972) seawater microbiomes a southern island Singapore that is protected marine park. The MAGs were only assigned Cellvibrionaceae family according Genome Taxonomy Database. Overall genome related indices Pseudomaricurvus alkylphenolicus KU41GT as closest phylogenetic relative revealed no more than 70.45% identity (ANIcutoff < 95%), below 50% percentage conserved proteins (POCPcutoff = 43.54%) for genera cutoff low digital DNA-DNA hybridization values (DDH 20.6 20.8%). major respiratory quinone predicted be ubiquinone-9 annotation 3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase (ubiG, K00568) involved last step ubiquinone biosynthesis pathway (M00117), which differed ubiquinone-8 utilized by known members Cellvibrionaceae. Both contained complete dissimilatory nitrate reduction ammonia, increases bioavailability nitrogen seawater. An identical choline dehydrogenase found both have amino-acid (≤64.47%) compared existing GMC oxidoreductases, expanding on diversity this enzymes. meet all minimum requirements but lack 16S rRNA gene sufficient length required proposed novel genus species under SeqCode. Nevertheless, trees based core-genome RpoB an alternative marker are congruent with taxon standing monophyletic clade other taxa order Cellvibrionales. Taken together, (SJ0813 represent uncultured, undescribed we tentatively propose name Candidatus Pelagadaptatus aseana gen. nov., sp. nov. strain SJ0813TS (=BAABNI000000000.1TS) type sequence. Phylogenetic inference placed Umboniibacter marinipuniceus KMM 3891T outside We, therefore, transfer new Umboniibacteraceae International Code Nomenclature Prokaryotes.

Язык: Английский

Процитировано

0

Seasonal dynamics and factors shaping microbiomes in freshwater finfish earthen aquaculture ponds in Bangladesh DOI Creative Commons
Sanjit Chandra Debnath, Dominique L. Chaput, Jamie McMurtrie

и другие.

Environmental Microbiome, Год журнала: 2025, Номер 20(1)

Опубликована: Март 31, 2025

Abstract Background The pondwater microbiome is believed to play a key role in fish health, including shaping mucosal surface microbiomes that help protect against disease. How different physiochemical features relating season, geographical locations, as well crop species shape the pond water finfish aquaculture system, not established. Pangasius ( Pangasianodon hypophthalmus ) and tilapia Oreochromis niloticus are two of most widely farmed disease major impediment expansion their production. We applied 16S 18S rRNA metabarcoding assess how physicochemistry location pangasius earthen ponds Bangladesh. Results Planctomycetota, Pseudomonadota Actinomycetota were dominant bacterial phyla while Stramenopiles Alveolata microeukaryotes (divisions) water. relative abundance Planctomycetota was higher compared with ponds, Actinomycetota, relatively ponds. Tilapia also exhibited microbial diversity at its lowest winter (and/or monsoon) highest pre-monsoon period. community structures differed across seasons, culture systems, species, season locations showing strongest effects. Of assessed, temperature pH found have weak but significant effect on content for both shared over 46% ASVs, around 30% ASVs study locations. Conclusion Our findings demonstrate communities systems Bangladesh shaped by location, effects from physicochemistry. results provide insights into dynamic nature environmental influences may be use management improving productivity enhancement overall health. Graphical

Язык: Английский

Процитировано

0

Metagenomic and metabolomic analyses of bacterial communities in short mackerel (Rastrelliger brachysoma) under storage conditions and inoculation of the histamine-producing bacterium DOI Creative Commons
Pongrawee Nimnoi, Neelawan Pongsilp

Open Agriculture, Год журнала: 2025, Номер 10(1)

Опубликована: Янв. 1, 2025

Abstract The 69 enterobacterial strains were evaluated for histamine synthesis in which 40.6% positive. effects of factors on the and histidine decarboxylase ( hdc ) gene expression Citrobacter sp. ENTSF 29-3 evaluated. Static condition 0.2% potassium sorbate contributed to positive negative concentration, respectively. pH values (5.5, 6.5, 7.5), temperatures (15 37°C), 5% inulin, NaCl did not significantly affect concentration. Based a quantitative real-time PCR analysis, static condition, NaCl, 5.5 upregulated expression, decreasing order. storage short mackerel Rastrelliger brachysoma at 25°C 2 days after inoculation histamine-producing bacterium (HPB) resulted altered bacterial community. High-throughput sequencing 16S rRNA clarified that predominant phyla under different conditions Proteobacteria (40.17–97.40%), Firmicutes (1.31–30.40%), Bacteroidota (0.66–9.72%). Bacterial diversity decreased, while dominance gamma -Proteobacteria abundance increased was synthesized. conferred increases families Enterobacteriaceae , Defluviicoccaceae, Wohlfahrtiimonadaceae . principal component analysis plots regarding predicted genes, enzymes, metabolic pathways illustrated communities from original frozen 4°C overlapped, HPB unique.

Язык: Английский

Процитировано

0

An In Vitro System Mimics the Intestinal Microbiota of Striped Beakfish (Oplegnathus fasciatus) and Inhibits Vibrio alginolyticus by Limosilactobacillus reuteri-Derived Extracellular Vesicles DOI Creative Commons
Bao‐Hong Lee, Yeh‐Fang Hu, Sofia Priyadarsani Das

и другие.

Animals, Год журнала: 2024, Номер 14(12), С. 1792 - 1792

Опубликована: Июнь 14, 2024

Extracellular vesicles (EVs) are functional substances secreted by microbes and host cells, it has been discovered that they participate in the interactions between different microorganisms. Our recent findings indicate Limosilactobacillus reuteri-derived EVs have potential to improve intestinal microbiota of Oplegnathus fasciatus fish inhibit pathogenic bacteria. Previous research reported cells play a regulatory role microbiota. This suggested investigate mechanisms through which L. regulate microbiota, system excludes interference from should be established. In this study, an vitro cultured bacteria system, without factors, was used simulate O. fish. After adding changes were analyzed. The results showed effectively reduced abundance Vibrio spp. experiments, also observed ability alginolyticus. We further sequenced small RNA contained found these RNAs can interfere with genes (LysR, pirin, MIpA/OmpV, CatB, aspartate-semialdehyde dehydrogenase) related growth V. Taken together, absence involvement, present function inhibiting exhibit

Язык: Английский

Процитировано

3

Parasalinivibrio latis gen. nov., sp. nov., isolated from the distal gut of healthy farmed Asian Seabass (Lates calcarifer) DOI
Shuan Er, Melissa Soh, Adrian Low

и другие.

Antonie van Leeuwenhoek, Год журнала: 2024, Номер 118(1)

Опубликована: Ноя. 9, 2024

Язык: Английский

Процитировано

2

Design and multi parameter performance optimization of the bionic robotic fish driven by tail fin DOI
Wei Tang,

Zhenping Yu,

Yunfei Wang

и другие.

Ocean Engineering, Год журнала: 2024, Номер 313, С. 119349 - 119349

Опубликована: Сен. 27, 2024

Язык: Английский

Процитировано

1

ОСОБЛИВОСТІ АНАТОМІЧНОЇ БУДОВИ КАРАСЯ ЗВИЧАЙНОГО DOI Creative Commons

Лариса Плюта

Bulletin of Sumy National Agrarian University The series Veterinary Medicine, Год журнала: 2024, Номер 1(64), С. 47 - 52

Опубликована: Июнь 19, 2024

Риби відносяться до царства тварин, водних хребетних ряд коропоподібні, родина коропові, вид карась звичайний. Скелет риб складається з осьового скелету тулуба, органів руху плавців (скелет кінцівок) та черепа. Осьовий скелет карася має два відділи тулубовий хвостовий. Основу його складає хребетний стовбур утворений кістковими хребцями, які з’єднані між собою, а в тулубовому відділі є ребра, розташовані по бокам і захищають внутрішні органи риби. В результаті наших досліджень були встановлені особливості будови форми тіла звичайного. При цьому застосовували комплекс стандартних морфологічних методів досліджень. Використовували комплексні класичні морфологічні, анатомічні методи експериментальних досліджень, включали: зовнішній огляд досліджуваного об'єкта, препарування органів, їх абрис (колір, консистенція, форма), виявлення топографічних особливостей урахуванням опису організму контурах, фотографували його, що кінцевому підсумку дозволило провести ретельне макроскопічне дослідження соматичної системи у карасів. Будова звичайного білатерально симетрична для інших ми використовуємо тримірний вимір, тобто відносно трьох площин. Тіло гарно розвинену головну ділянку, спинку легким вигином, приплюснуту вентральну частину тулуба розвинений хвіст. Колір карасів коливається від сріблясто-жовтого бронзового залежності роду. Окрас більш темніший дорсальній частині ніж вентральній. Карась тіло На головній ділянці розрізняють рот, парні носові отвори, зяброві отвори очі. хвіст ззовні вкриті кістковою лускою, яка щільно прилягають один одного, вентрально за головною ділянкою формується щільніша пластинка луски грудних латеромедіально. тілі видно безперервну шкірну складку медіальній лінії дорсально вздовж спини, потім вона переходить анального отвору утворює непарні плавці. Від Основна функція це регуляція риби певному порядку напрямку, підтримка рівноваги воді. Плавці спинний, хвостовий анальний, грудні черевні. спинці розташований непарний спинний плавець, він довгий, зменшується бік хвоста, перші промені тверді перший зазубрени на каудальном краї. Хвостовий плавець вигляд оберненої трапеції, дві лопасті, ним закінчується хвостова ділянка. Парний грудний розташовується каудально зябрових отворів бокам, вентральніше виступають черевні плавці, лежать горизонтально. Анальний плавец межі розгалужені. голови розташована розвинена парна зяброва щілина права ліва. Вона вертикально її нижній кінець доходить майже кута губ, аборально формує межу голови. Її прикриває кришка бічну поверхню

Процитировано

0